Opening GML file error - URL resource cache - 'attempt to write a readonly database'

Re the message:

Failed to read features from dataset 'E:\Temp

What is the E drive? Like you I'm thinking FME reads the data and makes a temporary store and that perhaps it's trying to write that store where it shouldn't. Your question says you are extracting the data then reading, and I just want to confirm you aren't reading from the disk directly (shouldn't make a difference, but it's the first thing to come to mind).

Where is your FME temporary path set to? For example, my log tells me:

INFORM|FME Configuration: Temporary folder is `C:\Users\imark\AppData\Local\Temp', set from environment variable `TEMP'

Has that changed recently? 

Also, what platform are you running on? The only reference to this error that I've seen before occurred on a Mac machine. Sadly the user never got back to us to finish figuring out the issue, but on the plus side that means they probably fixed it themselves, so it likely is a system configuration issue imo.